サーバのphpがCGIモードで動いていることを確認して、自動アップデートボタンを押したところ、途中でインストールが停止してしまった様子。
原因はよくわからないしあまり時間もないので、とりあえずWPを新規イントールし、設定ファイルをコピーした後、データベースを再読み込みさせたところ、記事は正しく表示されましたが、写真がリンク切れになっている。
とりあえず写真のファイルを所定のディレクトリにコピーして閲覧すると問題なく表示されるようになりました。
その後テーマを変更しようとしたところ、失敗。
どうやらtmpディレクトリがまずいようなメッセージが出ているので、~/tmp/を作成し、wp-config.phpファイルで、
define ('WP_TEMP_DIR', '/{path}/tmp/')
としてやるとうまく動きました。
ちょっと調べてみると自動アップデートは事前にアドオンを外すなど、いろいろと正しい手順を踏む必要があるようで、あまり自動的ではない印象です。